マキネッタ（モカエキスプレス）は空焚きを防止するために、ボイラーの中に水が残る仕様になっています。
3ml〜5mlくらいの量が残るのは問題ありません。
明らかに残りすぎな場合は（20mlほど）火力が弱すぎるか、粉が目詰まりしている可能性があります。
火力を強めてチェックしてみてください。
空焚きが始まってしまうと器具自体が焦げ付いてしまうので、火力は強火にしないほうが無難です。
水が残って不安に思っている方はご安心を。
マキネッタでおいしいコーヒーを淹れる方法については以下の記事でまとめました。
>>>【保存版】マキネッタの使い方を徹底解説。おいしいコーヒーを淹れるおすすめの方法まとめ